发表文章时间 文章发表：shinyTempSignal分析时间信号和其它系统发育信号

这篇文章之前有给JGG期刊写过，时间跨度非常大，当年我还在港大的时候， 发表了，当然这个工具的时间跨度也很大，2009年发布第一版，然后直到2016年才发表在Virus ，而且当年还是新刊，没有影响因子，不过大佬无所谓。像用的人很多，大佬就一直没发表文章。

今年暑假， :).

说回，从我看到文章的时候，我就觉得这软件挺简单的，我在R里调调包再自己写点，就可以实现了。然后后来我带本科生，我就把陈年代码拿出来，让学生去跑通，然后跑例子，拿来做毕业设计。然后中间隔一年，再来一次本科生做毕设，写了shiny app。然后投，被拒，又放着。然后就是让我的硕士生接手，优化了布局和一些功能。期间学生反馈有竞品，, 我一看，也是基于ape + 。那这样子的话，我们就多做点吧。于是就在时间信号回归的基础上，又加了这个其它系统发育信号的回归探索功能。这样子这个回归的应用就更广泛了，也有助于发现一些和演化相关的信号，特别是现在各种数据多了起来。

PS：做的是 clock，而可以做 clock。2024年已经有了一次引用。

这个工具到底能干啥？

你可以拿来看系统发育树是否符合分子时钟假说，是不是有些是有问题需要剔除的？这相当于你要做 之前的数据质控。嗯，质控很重要！

这个回归的思路被我们扩展来看时间信号之外的其它数据，那么是有助于用户发现一些有的的。特别是回归是可以针对clade来做的，也就是说不同clade可能表现出不同的相关性，这是可以分析看到的。

你做这个回归，可以帮助你去定根。给树定根也是一个麻烦事，然后的 深入人心，但只是让树形相对平衡一些，（可能）看起来好看些，并没有生物学意义。而如果我通过回归来帮助定根，那么应该说，是更有意义一些的。