发文章的 纯生信发8+的文章套路，看上去没那么难啊！
专业出黑
注：为了方便大家，文末汇总了最近课程链接，大家记得看一看哟！
对临床医生来说，科研工作不外乎就是每年需要文章产出，年末的时候再去申请课题项目。而且文章的产出又跟课题申请的命中率有一定的关联，加之临床工作的繁重性，利用手中可及的资源整理好科研成果，快速发表文章是很多迫于科研压力人的梦想。
今天小编给大家介绍一篇北京协和医院赵海涛主任发表于的生信文章。文章的题目是“ and of a TP53- model for ”。对于临床工作者而言，一个良好的临床角度对课题的申请以及文章的价值都能增色不少。超级明星基因TP53在很多肿瘤中都发生了突变，有报道表明野生型TP53能激活细胞的天然免疫反应，突变TP53（）则通过负向调控细胞的天然免疫信号，导致肿瘤细胞发生免疫逃逸，导致患者的肿瘤更加容易发生复发和转移。本文作者通过探讨TP53调控的免疫相关基因的表达，构建了一个预测肝细胞癌（HCC）的免疫预后模型（IPM）。
1、 在样本中挑选差异表达的免疫应答基因
确定TP53突变，基于此将样本进行分组。获得了37个跟免疫应答有关的差异基因。随便做了一下GSEA富集分析。
2、 构建IPM模型，并进行验证
单因素COX回归分析找到7个与HCC患者OS显著相关的差异基因。随后使用LASSO回归模型进一步挑选了两个基因：TREM1、EXO1。进一步的，采用多因素COX回归分析，构建了风险评分（Risk Score，RS）模型。根据RS值将纳入的样本分成高低风险组，构建患者OS预后模型的ROC曲线。训练集中，在预测0.5-5年时AUC可超过0.7，验证集中表现一般。
3、分析样本中情况以及与临床的一些相关
患者生存率更低，IPM与野生型TP53和患者的 OS 显著相关。
4、 免疫浸润分析
使用 方法结合免疫细胞特征基因表达矩阵，评估了IPM高低风险评分HCC患者之间 22 种免疫细胞类型的免疫浸润差异。
免疫细胞在每个样本中的分布情况。
5、 IPM相关基因的富集分析
风险评分与免疫检查点的评分；小提琴图分析免疫检查点在IPM高低风险组中的表达情况；IPM高低风险组患者样本中差异基因的表达情况，以及常规的BP和通路富集分析。
6、基于IPM构建与评价图
小编有话说：上述的很多分析内容通过简单R语言代码即可完成。即使R语言是零基础的也没问题，想要学会不妨继续往下看。
小张聊科研最新推出 《多组学数据挖掘实战训练班》课程，紧跟生信发文的最新需求，让学员掌握生信文章所需要的技能。
简单来说，就是--
文章需要什么，我们教您什么！
课程特色
本课程从R语言基础讲起，为大家初步构建R语言基础，之后通过本课程提供的海量代码。
学员可轻松完成：
1、多组学数据（转录组+基因组+蛋白组+代谢组+免疫组）的下载及处理
2、预后预测模型的构建、评价与验证(训练集+验证集）
3、肿瘤微环境（TME）及免疫浸润分析
4、免疫治疗反应性预测
5、体细胞突变分析
6、拷贝数变异分析
7、基因集富集分析
8、靶向药物预测
......
在学员掌握了分析方法之余，讲师将会结合具体实例，为学员打开思路，并提供个性化数据挖掘咨询。
讲师介绍
王老师，医学博士，临床医生，主要研究方向为肿瘤的临床与基础研究，擅长数据挖掘与分析，共发表SCI论文37篇，总影响因子超过200分，其中一作18篇。目前担任Aging-US、 、 、 等杂志审稿人。
适用人群
广大临床医生、科研工作者、医学领域研究生、生物信息学感兴趣者，以及有需求的零基础人员
课程图片展示
1.R语言基础绘图
2.基于转录组的风险预后模型
3.的构建与评价
4. 免疫组学、基因组学、药物靶点预测
even more!
课程安排
1.内容安排：
Day1上午（9:00-12:00）
数据挖掘介绍及相关背景知识
构建R语言基础
基于R的统计分析及绘图
午休
Day1下午
（13:00-17:00）
介绍常用肿瘤和非肿瘤数据库
多组学数据获取（转录组+基因组+蛋白组+代谢组+免疫组）
数据预处理（清洗、转换、缺失值、异常值等）
学员提问及讨论
Day2上午
（9:00-12:00）
构建预后预测模型（训练集）
构建风险评分模型：Cox回归联合LASSO回归，生存分析，模型评价（ROC曲线，C指数）
构建模型：绘制（基础版+高级版），模型评价（校正曲线，ROC曲线，C指数）
验证预后预测模型（独立验证集）
午休
Day2下午
（13:00-17:00）
肿瘤微环境（TME）及免疫浸润分析（，，MCP-，，EPIC，TIMER，xCELL）
预测免疫治疗的反应性
体细胞突变分析（ ）
拷贝数变异分析(Copy )
GO，KEGG，基因集富集分析（GSEA）
预测潜在的靶向药物
学员提问及讨论
注：
（1）实际授课过程中，老师可能根据进度对课程进行微调。
（2）请学员自带电脑，mac或者系统的笔记本（请勿使用XP系统，推荐win10），老师用win10系统进行讲解。
（3）本次课程以R语言为工具，贯穿整个课程。
2.会议信息
时间：2022年4月9-10日（周六、周日）
平台：腾讯会议（参会人员提前下载腾讯会议电脑客户端，并注册登录）
报名事项
1.报名费（可开发票）：
4月1日前
4月2日至8日
3400
3600
二人组团报名，每人可优惠100元
三人组团报名，每人可优惠200元
四人及以上组团报名，每人可优惠300元
特别说明：
办会员可以享八折优惠！
会员介绍链接。
2.报名联系
